Церковь во имя иконы Божией Матери «Знамение» построена в 1823 г. архимандритом Венедиктом (Краснопевцевым) и освящена им в 1825 г. Она стала первым храмом Жабынской пустыни, который был возрожден из руин в начале 1990-х годов. Эта церковь домового расположения, то есть она примыкает к братскому корпусы так, что монахи монастыря могут сразу в нее попасть. До сих пор Знаменский храм предстает перед нами в своем великолепии.

Ввиду того, что Жабынская пустынь в начале XVIII в. не имела ни земляных угодий, ни государева жалования, тогдашний игумен Тихон обратился с просьбой к митрополиту Илариону перенести в пустынь из Калужской губернии, села Озёрска чудотворный образ Знамения Божией Матери, чтобы обитель могла иметь содержание от подаяний, прибывавших к святыне богомольцев. В 1710 г. чудотворный образ Знамения Божией Матери был перенесен в Жабынскую пустынь. Чудотворная икона представляла собой образец древнерусского литейного дела XVI в. Вылитый из меди образ Божией Матери в серебряной рамке был невелик – размером всего один вершок (4,45 см). Икона имела вид медного складня и была вложена в серебряный, особо устроенный створчатый киот с выгравированными изображениями Господа Савофа, архангела Михаила и преподобного Сергия Радонежского. Киот, в свою очередь, был вложен в икону под ризой из позолоченного серебра, с изображениями благословляющего Господа Саваофа и двух святых ангелов, которые благоговейно поддерживали киот с чудотворным образом Божией Матери. В 1910 г., к дню 200-летнего пребывания в Жабынской пустыни, чудотворная икона была украшена серебряной коронованной рамкой, осыпанной камнями, а к обороту икону привинчена посеребренная медная доска с текстом благословенной грамоты Преосвященного Феодосия, епископа Сарского и Подонского. В безбожное лихолетье чудотворная икона утрачена.

Раньше внизу в подвальном этаже Знаменской церкви располагался выход, а вверху – храм. Крыша высокая куполообразная, по деревянным стропилам крыта железом, храм венчает купол с крестом. С западной стороны была приделана паперть. Внизу располагалась входная дверь, и лестница вела на второй этаж, который служил трапезою церкви. С правой стороны был устроен придел во имя трех святителей – Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. Под одну крышу с папертью пристроено в 1857 г. двухэтажное здание братской трапезы.

Вот как описывал внутреннее устройство архимандрит Вениамин (Кавелин). «Иконостас с 4-мя колоннами и аркою над царскими дверьми, поле темно-голубого цвета, а капители колонн и карнизы позлащены. Местные образа в медных посеребренных ризах. Против левого клироса помещается икона Владимирской Божией Матери, перенесенная сода из упраздненного Шаровского монастыря. В приделе трех святителей антиминс перенесен из старой Знаменской церкви, освящен в 1703 г. преосвященным Афанасием епископом Коломенским и Тульским. Иконостас одноярусный, поле белое с позолотою, на местных иконах медные посеребренные венцы».

В советское время в Знаменском храме одно время располагалась столовая. С середины 1980-х годов Знаменская церковь и Макариевский храм, в котором располагалась школа, были заброшены, проемы окон забиты досками, в стенах выбиты кирпичи, ступени лестницы заросли травой. Часовни над источником не было, от купален не осталось и следа. Только колодец неиссякаемо радовал своей кристальной водой, люди никогда не забывали о нем. И вот, в начале 1990-х годов произошло настоящее чудо. Первые службы в пустыни покойный наместник Жабынской пустыни архимандрит Никон (Коневший) проводил в Знаменской церкви, где был устроен фанерный иконостас с фотографиями икон. Богослужение совершалось по воскресным дням и праздникам. После открытия обители в ней по ряду причин в течение девяти лет не было братии. Не было и храма для совершения повседневной молитвы в пустыни, негде было жить. Помогала монастырю и уже восстановившаяся из руин Оптина пустынь, где старец Илий (Ноздрин) молился за возрождение полюбившейся ему Жабынской обители. Среди тех, кто пришел на помощь отцу Никону, были директора крупных Тульских предприятий, меценаты, все неравнодушные жители. Возрождали Знаменский храм всем миром. Потихоньку возрождалась и обитель, поднимали свои главы храмы монастыря, братские корпуса, купальня на источнике.

Как говорил отец Никон: «Восстановление древней Введенской церкви стало чудом, настоящим чудом, которое мы сами с вами можем наблюдать. Слава Господу, Пресвятой Владычице нашей Богородице и преподобному Макарию, что мы с вами являемся очевидцами этих чудесных событий».